Современное название кафедра приобрела в 1993 году. До этого, с момента ее организации в апреле 1972 года, называлась "Кафедра прикладной математики". В период с 1960 года по 1972 год специализация по вычислительной математике велась на кафедре теории функций. Инициатором создания специализации по вычислительной математике был профессор Лев Изральевич Волковыский. Именно из состава его кафедры в 1972 году и выделилась кафедра прикладной математики. Первым заведующим кафедрой был назначен Юрий Владимирович Девингталь – доцент, кандидат физико-математических наук.