Кафедра математического обеспечения вычислительных систем создана в начале 1991 г. по приказу ректора ПГУ от 11 января 1991 г.
Новая кафедра выделилась из состава кафедры прикладной математики. Ее основателем и первым заведующим стал доктор физико-математических наук, профессор Александр Иванович Миков. Штатный состав кафедры в то время насчитывал 20 человек. Преподавательский состав кафедры обновляется, но многие преподаватели работают на ней со дня основания.
Коллектив кафедры, 1998 г. Слева направо: Е.Ю.Никитина, А.Шляпников (ныне работает в США), С.И.Чуприна, А.И.Миков (ныне зав. каф. Кубанского госуниверситета, г. Краснодар), Е.Б.Замятина, Л.Н.Лядова, Л.А.Залогова
С 2003 г. заведующей кафедрой МО ВС работала кандидат физико-математических наук, доцент Людмила Николаевна Лядова. Она не только внесла большой вклад в укрепление и развитие кафедры, но и многое сделала для открытия на механико-математическом факультете таких новых специальностей и направлений, как «Компьютерная безопасность» и «Информационные технологии».
С ноября 2007 г. кафедру возглавила кандидат физико-математических наук, доцент Светлана Игоревна Чуприна. Под её руководством в составе кафедры в 2008 г. были открыты лаборатория инструментальных средств разработки программного обеспечения и три компьютерных класса, оснащенных оборудованием, приобретенным в рамках приоритетного национального проекта «Образование». Чуприна С.И. является инициатором и соучредителем МИП «ООО КНОВА», осуществляет научное руководство проектами этого малого инновационного предприятия, основными исполнителями которых выступают сотрудники и студенты каф. МОВС.
С февраля 2019 года исполняющим обязанности заведующего кафедрой является Алексей Юрьевич Городилов.