В качестве самостоятельного факультета возник в 1931 году. Базой для создания биологического факультета послужили кафедры, возникшие ещё в первые годы становления Пермского университета, когда биологи, профессора А.Г. Генкель, А.А. Заварзин, А.А. Рихтер, Д.М. Федотов, Б.Ф. Вериго, В.К. Шмидт и др., сыграли выдающуюся роль не только в организации биологических кафедр, но и в организации Биологического научно-исследовательского института, в его управлении, как и в управлении университетом.
Андрей Александрович Рихтер, Алексей Алексеевич Заварзин, Юрий Александрович Орлов, Владимир Николаевич Беклемишев, стали позднее академиками АН СССР и АМН. Созданные ими и их учениками научные направления стали базой для формирования новых поколений биологов, многие из которых оставили глубокий след в истории факультета и университета. Одна из двух улиц университетского городка в 1928 году названа именем Александра Германовича Генкеля.
В 1931 году Биологический факультет выделен в самостоятельную структурную единицу университета, первым деканом которого стал профессор Евгений Сильвиевич Данини.
В 1932-1934 гг., на базе кафедры зоологии создаются четыре самостоятельные кафедры: зоологии беспозвоночных (зав. профессор Виктор Алексеевич Захваткин), зоологии позвоночных и ихтиологии (зав. доцент А.М. Попов, а через год - профессор Александр Николаевич Пробатов), энтомологии (зав. профессор Дмитрий Евстратьевич Харитонов) и гидробиологии (зав. профессор Анастасия Оттоновна Таусон). Последние две кафедры просуществовали до начала 1950-х, когда произошло их слияние с кафедрой зоологии беспозвоночных. В 1936 г. состоялся первый выпуск специалистов-биологов в количестве 81 человека, подготовленных факультетом, что составило 38 % от всех выпускников университета.
В 1940 г. ректором Пермского университета назначен доцент кафедры зоологии позвоночных, ихтиолог Александр Ильич Букирев, ушедший с этой должности на фронт добровольцем в 1941 году. На фронт ушли 59 студентов и сотрудников факультета. Студенту энтомологу Валерию Рылову посмертно присвоено звание Героя Советского Союза.
В 1946 г. А.И. Букирев вновь становится ректором. После обострения ранений, полученных на фронте, оставил этот пост в 1951 году, продолжая заниматься педагогической и научной работой, руководить кафедрой зоологии позвоночных, развивая ихтиологическое направление. Одна из двух улиц университетского городка после его смерти в 1964 году стала носить имя А. И. Букирева.
В 1986 году, в год 70-летия университета, на Биологическом факультете ведут образовательную и научную деятельность 4 кафедры: морфологии и систематики растений (зав. проф. В.А. Верещагина), физиологии растений (зав. проф. Л.А. Бойко), зоологии беспозвоночных (зав. доц. М.С. Алексевнина) и зоологии позвоночных (зав. доц. Е.А. Зиновьев). Из 32 преподавателей, лишь 3 имеют учёную степень доктора наук и 24 - кандидата наук.
В 1994 г. организуется кафедра микробиологии и иммунологии, заведующим которой становится доктор медицинских наук, член-корреспондент РАН, профессор В.А. Черешнев, в последствии (1997 г.) ставший действительным членом (академиком) РАН, возглавляющий кафедру по настоящее время. Базой учебной и научной деятельности кафедры микробиологии и иммунологии по соглашению, кроме университета, являются восемь лабораторий Института экологии и генетики микроорганизмов Уральского отделения Российской академии наук (ИЭГМ УрО РАН).
В 1997 г. организуется кафедра экологии и безопасности жизнедеятельности (зав. д.б.н. Б.В. Тестов), которую в 2009 году возглавила доктор медицинских наук, член-корреспондент РАМН, заслуженный деятель науки РФ, профессор Н.В. Зайцева. В этом же году кафедра стала именоваться «Кафедра экологии человека и безопасности жизнедеятельности».