Музей зоологии беспозвоночных Пермского университета – одно из старейших и наиболее полных хранилищ данного профиля на Урале. В октябре 1916 г. во вновь открытом Пермском отделении Петроградского университета была организована кафедра зоологии и сравнительной анатомии. Усилиями профессора Д.М. Федотова (1888–1972) при поддержке ассистента Д.М. Дьяконова, на кафедре создан кабинет зоологии, впоследствии преобразованный в музей беспозвоночных животных. Первоначально экспозицией послужили образцы из фондов Петроградского императорского университета и Зоологического музея.
Огромную роль в оборудовании музея сыграла командировка Д.М. Федотова в 1917 г. в Японию, на морскую биологическую станцию Мисаки, расположенную на оконечности полуострова Миура, отделяющего Токийский залив от залива Сагами (Тихоокеанское побережье о-ва Хонсю). В ходе интенсивных гидробиологических работ, проведенных Дмитрием Михайловичем как в акватории залива Сагами, так и на япономорском побережье Хонсю, были собраны многочисленные образцы донной фауны – губки, ресничные и многощетинковые черви, немертины, моллюски, ракообразные, иглокожие, и многие другие. Среди них стоит особо выделить гигантского краба-паука, Macrocheira kaempferi (Temminck, 1836), а также «живое ископаемое» – мечехвост Tachypleus tridentatus (Leach, 1819). В некоторых районах Хонсю (согласно этикеточным данным – главным образом в окрестностях Киото и Матсушима) Д.М. Федотов собрал массовый материал по многим группам наземных субтропических беспозвоночных, таким как паукообразные (сольпуги, пауки, клещи, сенокосцы, лжескорпионы и др.) и насекомые (цикады, богомолы, палочники, саранчовые, клопы и др.). Материалы, доставленные Д.М. Федотовым из Японии, по сей день составляют основу экспозиции и находятся в хорошей сохранности.
В дальнейшем музей пополнялся коллекциями моллюсков, созданными при содействии профессора В.Н. Беклемишева, а также жуков и бабочек, оформленными профессором Д.Е. Харитоновым (1896–1970). Им же были созданы первые систематические коллекции по паукообразным и насекомым, составившим ядро научного фонда музея. Владея несколькими иностранными языками, Д.Е. Харитонов вел обширную переписку, а также обмен материалами со специалистами-арахнологами многих стран и собрал уникальную коллекцию пауков, послужившую основой для написания многочисленных научных работ, признанных классическими («Каталог русских пауков» и др.). В середине 50-х гг. 20 века коллекция пополнялась материалами из Средней Азии, собранными доцентом А.С. Уточкиным.
Решающий вклад в становление современного облика музея внесла в 1980–90 гг. старейший преподаватель кафедры доцент К.Н. Бельтюкова (1914–2008). Завершив научно-педагогическую деятельность, она уже в достаточно пожилом возрасте увлеченно занималась обновлением музея. Более 10 лет она практически ежедневно бескорыстно занималась реставрацией коллекций – скрупулезно восстанавливала утраченные или разрушенные части образцов, вела доливку фиксирующей жидкости и запечатывала сосуды с влажными препаратами, монтировала энтомологические объекты. Латинские названия многих животных были обновлены Ксенией Николаевной в соответствии с современными положениями систематики. Будучи профессиональным коллекционером насекомых, К.Н. Бельтюкова уделяла им особое внимание. Обнаружив в хранилищах большое количество коробок с насекомыми, определенных узкими специалистами в разные годы, она привела их в порядок. Проделав огромную работу, Ксения Николаевна сумела создать из разрозненного материала таксономические коллекции, до сих пор не утратившие научной ценности.
Помимо справочных, К.Н. Бельтюковой были задуманы и смонтированы тематические коллекции («полезные насекомые», «насекомые красной книги», и др.), ныне занимающие несколько шкафов и используемые преподавателями кафедры в качестве иллюстративных материалов при чтении лекционных курсов по прикладным дисциплинам – лесной, сельскохозяйственной и медицинской энтомологии. Вдобавок к проделанной работе, К.Н. Бельтюкова впервые произвела тотальную инвентаризацию материалов. Все экспонаты были систематизированы, и каждая единица хранения снабжена инвентарным номером, заносимым в журнал поступлений.
На протяжении более 30 лет преподаватель кафедры, доцент В.А. Лыков (1933–2009), занимался коллекционированием раковин моллюсков. Ему удалось собрать впечатляющую по разнообразию и красоте коллекцию, часть которой (около 400 видов) представлена в музее. В 2004 г на основе снимков раковин моллюсков из демонстрационных фондов, а также личной коллекции В.А. Лыкова, в серии «Музеи Пермского государственного университета» был выпущен настенный перекидной календарь с говорящим названием «Морские раковины». Кроме моллюсков, В.А. Лыковым музею переданы крупные образцы кораллов. В последнее время экспозицию моллюсков активно пополняет коллекционер В.Д. Береснев.
В обогащение экспозиции свой вклад вносили также студенты и выпускники университета. Так, выпускник ПГУ ихтиолог В.А. Ткаченко, работавший в 1960–70 гг. в АтлантНИРО (г. Калининград), активно сотрудничал с музеем и передавал на хранение многочисленные образцы кораллов, моллюсков и ракообразных, собранные им в рейсах по Атлантическому и Индийскому океанам. В 1986 г. учеником 7 класса 32-й школы г. Перми, А. Брагиным, музею была презентована коллекция бабочек Вьетнама, привезенная его родителями. В 1990–92 гг. студенты А.В. Грищенко и А.В. Михайлов провели три летних полевых сезона в экспедициях Камчатского института экологии и природопользования на Командорские острова (Берингово море), а также в рейсе КамчатНИРО на рыболовецком траулере «Родино» вдоль побережья западной Камчатки (Охотское море). Из данных районов ими были привезены и отданы на хранение коллекции губок и мшанок. Кроме того, А.В. Михайловым смонтированы экспозиции по крабам Дальневосточных морей России, Черного моря и восточного побережья Австралии.
Научный фонд, созданный профессором Харитоновым, непрерывно пополняется, начиная с 30-х гг. 20 века и на современно этапе, наряду с уральским материалом, содержит коллекции по паукам и сенкосцам из многих районов Палеарктики. Более того, коллекция пауков ПГУ является одной из четырех официальных коллекций России, содержит типовые образцы видов, описанных Д.Е. Харитоновым, и его последователями – А.С. Уточкиным, С.Л. Есюниным и В.Е. Ефимиком. В последние десятилетие научный фонд переводится в новую систему регистрации образцов с учетом в электронной базе данных. Г.Ш. Фарзалиевой создается коллекционный фонд по многоножкам Урала и Казахстана. Ведется обмен материалами с профильными коллекиями зоологического музея (Новосибирск), Зоомузеем МГУ, Манчестерским музеем (Великобритания) и институтом биологии (Турку, Финляндия).
В настоящее время музей структурно подразделен на экспозиционный, научный и учебный фонд. Демонстрационная площадь составляет 80 кв. м, а общее количество экспозиций – 1530 единиц хранения, в т. ч. 292 коробки с насекомыми и 1238 фиксированных или сухих образцов. Музей работает непрерывно и за год его посещает более 1500 человек. Проводятся 80–100 экскурсий для учащихся школ и лицеев города и края, ведутся занятия со студентами университета и других учреждений г. Перми. Музей активно сотрудничает с профильными организациями Пермского края, а также неоднократно участвовал в региональных выставках. За успехи в просветительской деятельности, в 1998 г. музей был награжден дипломом департамента культуры и искусства администрации Пермской области.