Естественнонаучный институт (ЕНИ) имеет богатую и славную историю, которой гордятся сотрудники.
Прошлое и настоящее ЕНИ во многом связано с университетом. Уже в начальный период его становления преподаватели ставили своей задачей широкое развитие научной деятельности. Когда в начале 1920-х годов ВУЗы были переданы в подчинение в Главное управление профессионального образования, Университет ходатайствовал перед Главнаукой об учреждении при нем нескольких исследовательских институтов, стремясь, таким образом, сохранить за собой значение научного учреждения.
В 1921 году 28 ноября Постановлением Народного Комиссариата просвещения РСФСР был утвержден лишь один – Биологический институт (БНИИ), с 1945 г. – Естественнонаучный (приказ Народного Комиссариата Просвещения РСФСР от 16 июня № 423). По данным Большой Советской энциклопедии БНИИ был четвертым научным институтом, созданным после 1917 года в СССР среди институтов биологического направления.
Одной из основных задач в первые годы работы института было создание печатного органа, в котором сотрудники имели бы возможность опубликовать результаты своих исследований. Для этого был учрежден сборник научных работ под названием «Известия Биологического научно-исследовательского института и Биологической станции» (1923). Примечательно, что при приеме рукописей статей редакция обращалась с просьбой к авторам: «представлять резюме на французском, немецком и английском языке».
В 1930-х годах институт организует работу, положив в основу исследований комплексный принцип по следующим направлениям: изучение естественно-исторических предпосылок по организации сельского хозяйства; изучение применения минеральных удобрений; изучение рыбного и пушного хозяйства; изучение природных и бытовых факторов здоровья; комплекс курортологии; химический комплекс.
В период Великой отечественной войны институт, как и многие другие научные учреждения, прекратил свою деятельность (приказ Народного Комиссариата Просвещения от 27.09.1941 № 694) и был восстановлен сразу после ее окончания.
В истории ЕНИ не раз чередовались периоды разного статуса института: юридически самостоятельная организация (последний раз – в 1986–2006 годах), или – структурное подразделение университета.
11 апреля 2006 г. распоряжением № 509-р Правительства РФ Естественнонаучный институт, как юридическое лицо, был реорганизован и присоединен к Пермскому государственному университету.
С 2007 года институт является обособленным структурным подразделением университета.